《事业单位法人证书》不是长期有效，而是有时效性限制。《事业单位登记管理暂行条例》规定：“事业单位应当于每年3月31日前分别向登记管理机关和审批机关报送上一年度执行本条例情况的报告。”只有经登记管理机关对年度执行情况报告审查通过，有效期以文字或者年检标记的形式在证书上标明，《事业单位法人证书》才在新的一年内继续有效，否则失去效力。
超过有效期的《事业单位法人证书》自动废止，对废止的《事业单位法人证书》登记管理机关应当予以公告。
规定《事业单位法人证书》有效期的主要目的是：保持事业单位法人资格和登记事项的真实性。事业单位的合并、调整，业务范围的调整变化，法定代表人的变更以及其他登记事项的变化，是比较普遍的现象；随着事业单位改革的逐步深入，有关的调整、变化会进一步加大。如果《事业单位法人证书》有效期过长，事业单位再不及时办理变更登记或注销登记，就很容易造成《事业单位法人证书》的“失真”，即证书上的登记内容与事业单位的实际情况不一致；甚至有可能出现某事业单位早已撤消，而其原来的《事业单位法人证书》继续有效的严重情况。这样，势必在客观上造成对社会各有关方面的“欺骗”，带来难以预料的损失和影响。
此外，规定《事业单位法人证书》的有效期、只有加盖年度报告审查合格标记后才在新的年度继续有效，有利于敦促事业单位按规定及时提交年度执行《条例》的情况的报告，保证年度报告制度的实施。
