注销登记或者注销备案的主要目的是，保护事业单位自身和社会各有关方面的合法利益免受损害，维护正常的社会秩序和经济秩序。具体体现在以下几个方面：
（一）保证合法解散的事业单位不再承担依法不应当再承担的责任
当某事业单位实际上已经解散，但未经核准注销登记之前，在法律上仍然认为其存在。该事业单位仍然要履行有关义务，承担有关责任，如缴纳有关费用等。只有经核准注销登记后，才表明在法律上确认了其主体的消失，并不再履行有关义务，也不再承担有关责任。
（二）保护社会各有关方面的利益免受损害
任何事业单位法人都不是孤立地存在，而是必然与社会有关方面发生这样、那样的联系。当一个事业单位法人事实上已不存在，但由于未及时办理注销登记、在法律上仍然存在时，就很可能给社会有关方面造成损害。如某事业单位因管理不善、资不抵债，已不具备承担民事责任的能力，举办单位已作出将其解散的决定，但没有及时办理事业单位法人注销登记，不法分子就可能利用其未收缴的尚具法律效力的《事业单位法人证书》和印章，作为合法手段，与另一法人签订经济合同；由于已不具备相应的民事责任能力，合同不能兑现，使合同另一方受到经济损失。
（三）保护国有资产和债权人利益
按照《条例》的规定，事业单位在申请办理注销登记前，必须在审批机关指导下成立清算组织，对其资产和债权债务进行清算，使资产和债权债务得到相应处理。这一规定，有利于保护国有资产不流失和被非法侵占，也有利于保护债权债务双方的合法权益。
