事业单位登记管理体制，是事业单位登记管理机构设置、权限划分、职责设定等制度的总和。换言之，事业单位登记管理体制就是事业单位登记管理的权责结构及其运行方式。
（一）登记管理机关。《条例》第五条规定:“国务院机构编制管理机关和县级以上各级人民政府机构编制管理机关是本级人民政府的事业单位登记管理机关”。根据这一规定，事业单位登记管理机关是各级政府的机构编制管理机关。国务院机构编制管理机关承担事业单位登记管理职能的机构是国家事业单位登记管理局。
（二）登记管理机关的职责。登记管理机关的职责即登记管理机关在事业单位登记管理中的权利和义务，由《条例》和有关法律、法规和规章加以确定。
（三）登记管理机关之间的职责划分。事业单位登记管理机关由不同层级和不同行政区域的一系列机关所组成。明确各级事业单位登记管理机关的职责任务，划清权限，对做好事业单位登记管理工作，提高行政效率，保护事业单位的合法权益，具有重要意义。根据《条例》关于“事业单位实行分级登记管理，分级登记管理的具体办法由国务院机构编制管理机关制定”的规定，登记管理机关之间的职责划分，由国务院机构编制管理机关即国务院事业单位登记管理机关制定的有关办法加以规定。
